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目前常用的基因分型手段主要是基于NGS的簡化基因組方法，包括GBS、RAD、ddRAD等，這些簡化基因組方法都能夠提供開放、無偏差的基因分型，但卻沒有一種技術可以實現針對靶向基因區的高效分型——單基因、基因家族、啟動子和增強子、基因簇及非編碼基因等都可能含有重要的與表型變異密切相關的多態性。因為傳統的簡化基因組技術，由于其以隨機的方式研究遺傳變異，獲取的信息大部分在這些區域之外，就導致了有價值標記的檢測缺失。雖然經典的微陣列的方法可以規避這一缺漏，但卻存在著當基因池改變時會出現較強的檢測偏差和較差的可重復性問題。

目前，大規模基因分型的困難：

1. 基因芯片：可以測大量SNP，但很難新增SNP

2. 熒光定量PCR：價格便宜，但可測的SNP數量有限

3. 全基因組測序：可以測大量SNP，但費用高

4. RAD-Seq/GBS: 無法靶向目標區域

5. 目標區域捕獲：實驗耗時長，必須測通插入片段

6. 擴增子測序：優化困難，規模小，不靈活

SPET靶向基因分型，提供了一種快速、可擴展、高效經濟的單引物富集技術（SPET），基于新一代測序技術對各類生物樣本的特異性靶向區域SNP進行有針對性的測序分型。該方法可以通過捕獲每個靶向測序序列的SNP特異性數據點，提供豐富有效的測序數據，不僅有效獲得靶向區分型結果，更可以快速構建具有可擴展性及低成本單SNP位點檢測流程。

技術流程如下：

1. 將基因組酶切打斷，該步驟操作便捷，可實現自動化；

2. 將片段化的基因組接上indexed adaptor ，DimerFree技術可消除接頭二聚體的形成;

3. 針對靶向區域設計的探針捕獲目標區域捕獲；

4. 擴增后獲得靶向區域序列文庫，測序后得到分型結果。

SPET靶向基因分型通過探針設計及“雞尾酒"式的酶切組合進行基因組片段化，能夠有效地將SNP控制在測序讀長范圍內，輔以優化過的探針設計，確保SNP可通過單端測序測序模式檢出。退火位點的設計也規避了已知多態性位點的位置，以確保擴增過程不會因此而造成偏倚。如果選擇雙端測序測序，還可在read 2中獲得新的未知多態性位點信息，充實研究結果。

SPET靶向基因分型的優勢如下：

• 方便在自動化工作站上建庫

• 設計靈活

• 可擴展復用

• 集成了酶促打斷

• 低起始量（10 – 1100 ng）

• 高檢測通量（100 – >100,000 SNPs）

• 建庫周期短（<24 h）

截至目前，已有包括人，動物，植物在內的多個物種開展了基于SPET技術的基因分型， SNP在一管內的位點達到了30萬。該技術特別適合中高通量的基因分型，同時具備優化SNP的靈活特性。